設定ファイルは各項目(定義)毎に分割されています。
2.5の時は一つにまとめてあったminimal.cfg(簡易用？)が2.9にはなかった・・・
minimal.cfgがあればそれを修正して使いまわせばいいですが
一から作った場合は、各必要なファイルを個別に修正します。
■2.9の基本cfg
■その他
監視先が多いとか規模によっては、各ファイルに分割したほうが管理しやすいかと。
まぁ、別に1ファイルにまとめても問題がないですが。
参考
Nagios(Japan)