Updateは簡単。ESXi5.0をダウンロードして、CDに焼いてInstallerから実行するだけ。
Install時に、旧ESXiがあれば、VMFSが見つかったからUpgradeするかい？って聞かれるので
それを選んでやるだけ。あとは勝手に進んで終了。

英語サイトだが、画像付きで説明してくれているサイトがあるので
こっちを見てもらった方が早いかと^^;
http://blog.vmpros.nl/2011/07/13/vmware-easy-upgrade-esxi-4-1-to-esxi-5-0/

ただ、自分がインストールした時はUpgradeの選択肢はなく、migradeとなっていた。
しかも、Forceで行うぜ？ってな。

インストールが終われば、ｖClientのUpdateもお忘れなく。

インストールが終わったのでパッチも適用。
パッチダウンロード
http://www.vmware.com/patchmgr/download.portal

vClientよりデータストアにアクセスし、ダウンロードしたパッチをアップロード
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SSHでESXiにアクセスする。(SSHを有効にしておく必要がある)
　↓
ゲストを止めて、メンテナンスモードにする。
　↓
# esxcli software vib install -d /vmfs/volumes/＜データストア名＞/パッチ.zip
　↓
暫く待つ
　↓
Installation Result
Message: The update completed successfully, but the system needs to be rebooted for the changes to be effective.
Reboot Required: true
以下適用パッチがずらずらずらっと、出れば完了。
後は、再起動すれば、Versionが変更されている。

サードパーティ製のドライバー等々別途何か入れている場合以外は問題なく
Update&Patch適用はすんなり終わると思われる。

一応、パフォーマンスがよくなってるんでしたっけ？
常日頃から、確認してる訳ではないので気づかないと思うけど・・・