ESXi4.1にあがったのでupdate1も合わせて適用しておきます。
update2になろうが3になろうが手順は同じ･･･だと思う。

4.1になると、VMware vSphere Host Update Utilityがなくなった。
あれ便利だったのに(´・ω・｀)
4.0の奴で4.1のUpdate対応とかしちゃうとまずいのかな？(そもそも動かないかな)
まぁ、変な事になっても困るし、コマンドでも楽なので構わないですが（・ω・）

■準備
・ESXi ホスト上のすべての仮想マシンをパワーオフ
・ESXiをメンテナンスモードへ移行
・パッチファイルの入手(update-from-esxi4.1-4.1_update01.zip)
http://www.vmware.com/patchmgr/findPatch.portal

■Update作業
vicfg-hostops.pl --server ESXiホストのIPアドレス --operation info
root/passwordを入力すると、処理が始まります。
メンテナンスモードになっているか確認
In Maintenance Mode  : yes <-ここを確認

vihostupdate.pl --server ESXiホストのIPアドレス --list --bundle フルパスでパッチを指定
vihostupdate.pl --server ESXiホストのIPアドレス --scan --bundle フルパスでパッチを指定
vihostupdate.pl --server ESXiホストのIPアドレス --install --bundle フルパスでパッチを指定
vihostupdate.pl --server ESXi ホストのIPアドレス --query
それぞれroot/passwordを入力すると、処理が始まります。
queryを実行した時点で
ESXi410-Update01 日付 ｘｘｘｘとか出てくればOK。

後は、ESXiホストを再起動するだけ。