4.0以下から4.1以上へのアップデート

■事前準備
MySQLのプロセスを落とし、バックアップをします。
# mysqldump -u【user】 -p【passwd】 databasename > databasename.sql
# cd /usr/local/
# cp -rfp mysql mysql_bk
# rm -rf mysql     

■最新版をインストール
インストール方法はこちらを参照

■my.cnf修正
# vi /etc/my.cnf
　[mysqld]
　default-character-set = ujis
　old-passwords
　# 5.0.13-rc 以上は追記
　skip-character-set-client-handshake

[mysqldump]
　default-character-set = ujis
　skip-opt

[mysql]
　default-character-set = ujis
　# shit-jisの場合はsjis    

MySQLを起動させて、create databaseをして最初にDumpしたファイルをリストアします。
Nucleusの場合はこれで動きました('～')

CHAR の定義等4.0以前より何かと変わっているみたいですので
詳しくは、日本MySQLユーザ会やMyNAを確認してください。

問題があって前のものに戻したいときは
プロセスを落として
# cd /usr/local
# rm -rf mysql
# cp -rfp mysql_bk mysql     

で元の環境に戻せます。